Pikachu e seus amigos se separam de seus treinadores e vão parar em uma ilha misteriosa cheia de Pokémon desconhecidos. Sem a ajuda de humanos eles precisam trabalhar em equipe para explorar o lugar superar desafios naturais e lidar com pequenos conflitos entre si. Durante a aventura descobrem novos laços de amizade e cooperação enquanto tentam encontrar um jeito de se reunir novamente com seus companheiros de jornada.