Em um futuro distante, a humanidade vive em gigantescas estruturas tecnológicas fora de controle, dominadas por sistemas autônomos. Em meio ao caos, surge Killy, um misterioso viajante solitário em busca do gene de conexão com a Rede, única esperança para restaurar o controle sobre a Cidade. Blame! Prologue apresenta os primeiros passos dessa jornada sombria, revelando fragmentos do passado, a hostilidade das máquinas e a fragilidade dos poucos humanos restantes, preparando o cenário para a longa e perigosa missão que se seguirá.