No ano de 2066, a República de Hontworl, membro fundador das Nações Unidas, deixa a organização sem explicar seus motivos. Isso causa um ultraje dentro da ONU e coloca a segurança do mundo no limite. Logo após este incidente, Myori, a capital da República da Tríade, é atacada por uma fortaleza voadora conhecida como o Rei da Tartaruga.

A International Science Organization, que é dirigida pelo Dr. Kouzaburou Nanbu, é encarregada de lidar com esse misterioso inimigo. Ao mesmo tempo, os principais cientistas da ISO estão desaparecendo. Os cinco membros da equipe Science Ninja Team, os guerreiros Gatchaman, são chamados para chegar ao fundo das coisas.

Faz anos que a equipe lutou contra Berg Katze e a infame organização Galactor. Será que Ken, também conhecido como Águia, ainda será capaz de liderar sua equipe para a vitória contra essa força suprema do mal?

(Auto Tradução / Temporário)