Em meio a uma guerra entre a ONU e forças anti unificação, o piloto Shin Kudo cai em uma ilha isolada após um combate aéreo. Lá ele encontra a misteriosa Sara Nome e sua irmã Mao, guardiãs de antigos segredos. Enquanto a tecnologia Valkyrie evolui, estranhos artefatos Protoculture despertam e revelam uma conexão entre música, lendas e poder destrutivo. Conflitos militares e choques culturais se intensificam, levando Shin a questionar seu papel na guerra e o verdadeiro significado da coexistência entre humanidade e forças desconhecidas.