Em um futuro distante a humanidade coloniza Marte e enfrenta uma misteriosa raça alienígena conhecida como Deus. O capitão Yuji Asuka comanda a poderosa nave de guerra Aoba em uma missão decisiva. Enquanto batalhas espaciais devastadoras acontecem segredos sobre a verdadeira natureza do inimigo e das armas humanas vêm à tona. Em meio ao caos Asuka precisa escolher entre cumprir ordens militares ou seguir sua própria consciência.