Uma raça alienígena parasita chamada Cthulhu invade a Terra com monstros biomecânicos, espalhando caos e destruição. A guerreira androide Iczer-1 chega ao planeta para enfrentar essa ameaça e precisa unir forças com a tímida estudante Nagisa. Juntas, elas formam uma poderosa parceria psíquica e pilotam um mecha gigante para combater os invasores. Enquanto lutam para proteger a humanidade, as duas desenvolvem um forte laço emocional e enfrentam conflitos internos, batalhas intensas e revelações sobre a origem de Iczer-1 e a verdadeira natureza da guerra que assola o universo.