Kud Wafter acompanha a história de Riki Naoe e Kudryavka Noumi após os eventos de Little Busters!. Quando um acidente torna o dormitório de Kud inabitável, ela passa a morar temporariamente com Riki. Os dois enfrentam situações cotidianas divertidas e constrangedoras enquanto lidam com sentimentos crescentes um pelo outro. Entre estudos, amigos e desafios pessoais, o relacionamento deles se aprofunda e revela o passado de Kud, incluindo sua terra natal distante e conflitos familiares. A obra mistura romance juvenil, drama emocional e momentos leves, explorando amadurecimento e laços afetivos em um ambiente escolar acolhedor.