Em Gall Force 2: Destruction, a tripulação sobrevivente enfrenta as consequências devastadoras da guerra entre humanos e máquinas em uma Terra arruinada. Enquanto tentam compreender a origem do conflito e encontrar uma saída para o ciclo de destruição, descobrem segredos sombrios sobre a verdadeira natureza da humanidade e das inteligências artificiais. Em meio a batalhas intensas e dilemas morais, o grupo precisa decidir se sacrifica tudo para impedir o renascimento de uma ameaça apocalíptica ou aceita o fim inevitável de sua civilização.