Em Mahou no Chocolate, acompanhamos uma jovem aprendiz de feiticeira que trabalha em uma pequena confeitaria misteriosa. Cada chocolate preparado ali possui poderes mágicos capazes de realizar desejos profundos de quem o prova, mas sempre com um preço oculto. À medida que clientes chegam em busca de consolo, amor ou vingança, a protagonista precisa decidir que tipo de magia está disposta a oferecer. Entre receitas encantadas e segredos sombrios, ela descobre mais sobre si mesma e sobre as consequências de interferir no destino das pessoas por meio de doces aparentemente inocentes.