Koko wa Green Wood acompanha Kazuya, um estudante tímido que entra em um internato masculino chamado Green Wood. Lá ele divide o quarto com Shun, um colega de aparência delicada e personalidade enigmática. Entre mal-entendidos, amizades improváveis e situações cômicas do cotidiano escolar, Kazuya aprende a lidar com seus sentimentos e a amadurecer. A série mistura humor leve e momentos emocionantes ao mostrar os laços que se formam entre os estudantes.