Boku no Pico acompanha Pico, um garoto solitário que trabalha no café de seu avô, quando conhece Tamotsu, um jovem adulto que se interessa por ele. A relação entre os dois se desenvolve em encontros secretos durante o verão, explorando descobertas íntimas e sentimentos confusos. A história foca na perspectiva inocente de Pico diante de situações complexas, misturando romance, desejo e vulnerabilidade em um cenário aparentemente leve e ensolarado.