D-Frag! segue a história de Kenji Kazama, um delinquente juvenil que, junto com seus amigos, tenta fazer nome para si na escola. Tudo muda quando ele encontra o "Game Development Club", composto por quatro garotas excêntricas. Após ser forçado a se juntar ao clube, a vida de Kenji se enche de eventos absurdos e hilários. Ele se vê envolvido em situações ridículas enquanto as garotas do clube usam métodos não convencionais para enfrentar outros clubes e desafios escolares. D-Frag! é uma comédia escolar sobre amizade, jogos e a loucura do dia a dia no clube.