Em um futuro próximo, a humanidade enfrenta uma misteriosa raça alienígena chamada JAM que invade a Terra através de um portal na Antártida. Para combatê los, é criada a Força de Defesa da Terra que luta no planeta alienígena Fairy. Entre seus pilotos está Rei Fukai, um ás solitário que opera o avançado caça Yukikaze equipado com inteligência artificial. Em meio a batalhas aéreas intensas, Rei questiona sua própria humanidade, a consciência de Yukikaze e a verdadeira natureza da guerra contra os JAM.