Em um futuro distópico, após a Terra ter sido quase completamente coberta pela água, a humanidade luta para sobreviver. A história segue o jovem piloto de submarino, Hayami Tetsu, e sua interação com Mayumi, uma garota que tem uma misteriosa ligação com as criaturas marinhas conhecidas como Antigos. Juntos, eles descobrem segredos sobre essas criaturas e a verdadeira natureza do mundo transformado pela água. "Ao no 6-gou" (Blue Submarine No. 6) mistura ação, aventura e a luta pela sobrevivência em um cenário aquático deslumbrante e perigoso.