Tony Stark enfrenta um novo inimigo chamado Ezekiel Stane, um gênio que desenvolve uma biotecnologia avançada capaz de superar a armadura do Homem de Ferro. Após um ataque devastador a um satélite de vigilância global, Tony é acusado e passa a ser caçado por S.H.I.E.L.D. e outros heróis. Determinado a limpar seu nome, ele investiga a origem da ameaça e descobre um plano que pode mudar o futuro da tecnologia e da humanidade.