"Boku wa Imouto ni Koi wo Suru" é uma história de amor proibido entre gêmeos, Yori e Iku, que vivem sob o mesmo teto. Desde jovens, Yori sempre cuidou de Iku, mas à medida que crescem, seus sentimentos por ela se transformam em algo mais profundo e proibido. Yori luta para reprimir seu amor inaceitável por sua irmã gêmea, enquanto Iku permanece alheia aos sentimentos intensos de seu irmão. O anime explora os conflitos internos de Yori e as consequências de seu amor proibido, desafiando as normas sociais e familiares.