Chocolat no Mahou acompanha Chocolat, uma misteriosa confeiteira que prepara doces capazes de realizar desejos ocultos de seus clientes. Cada episódio apresenta uma nova pessoa em conflito emocional que busca ajuda em sua loja. Ao saborear os doces mágicos, desejos profundos vêm à tona revelando segredos, arrependimentos e esperanças. Porém toda magia tem um preço e os personagens precisam enfrentar as consequências de seus próprios sentimentos.