Tenchi Masaki continua sua vida cercado pelas encrenqueiras alienígenas que moram em sua casa. Novos desafios surgem quando intrigas políticas de Jurai e ameaças espaciais colocam em risco a paz recém conquistada. Entre treinamentos, batalhas e confusões românticas, Tenchi precisa amadurecer e entender melhor seus poderes e sua origem. Enquanto isso, Ryoko, Ayeka e as demais disputam sua atenção em meio a situações cômicas e perigosas, misturando ação, comédia e ficção científica.