Em um futuro distante no ano 2520, a humanidade enfrenta novas ameaças no espaço após séculos de exploração e conflitos. Um jovem capitão herda o legado da lendária nave Yamato e lidera uma tripulação diversa em uma missão crucial para proteger a Terra e restaurar a paz galáctica. Enquanto enfrentam inimigos poderosos e conspirações políticas, eles descobrem segredos sobre a origem da humanidade e o verdadeiro propósito da Yamato.