Birdy Cephon Altera é uma agente espacial que vive na Terra usando o corpo de Tsutomu, um estudante humano. Em The Cipher, um caso aparentemente simples revela uma conspiração ligada a experimentos alienígenas secretos. Enquanto investiga, Birdy enfrenta inimigos poderosos e memórias dolorosas de seu passado. A tensão aumenta quando a verdade ameaça tanto o mundo humano quanto o universo alienígena.