Em Shoujo Sect acompanhamos a intensa relação entre Shinobu e Momoko, amigas de infância que se reencontram no colégio. Shinobu sempre foi apaixonada por Momoko e nunca esqueceu o que viveram juntas quando crianças. Agora precisa lidar com seus sentimentos enquanto Momoko parece não lembrar ou não dar a mesma importância ao passado. Entre conflitos emocionais, ciúmes e descobertas, a história explora o amor entre garotas, a transição da amizade para algo mais profundo e os desafios de aceitar os próprios desejos em meio à pressão social e às incertezas da adolescência.