Na segunda temporada de Koukaku Kidoutai: SAC_2045, a Seção 9 enfrenta a crescente ameaça dos “pós humanos”, indivíduos com capacidades sobre humanas que desafiam governos e corporações. Motoko Kusanagi e sua equipe investigam conspirações globais ligadas à economia em colapso e à evolução da inteligência artificial. Enquanto o mundo mergulha em conflitos armados e crises políticas, o grupo precisa decidir até onde irá para proteger a humanidade e sua própria identidade em um cenário em que fronteiras entre homem e máquina ficam cada vez mais indefinidas.