Em um futuro próximo, um experimento biológico dá errado e cria uma massa mortal chamada Matter que devasta parte do Japão. Aiko Tachibana, que perdeu a família nesse desastre, descobre que seu corpo esconde um segredo ligado à origem da catástrofe. Ao lado do misterioso Yuya Kanzaki e de uma equipe de mergulhadores especializados, ela precisa entrar na zona proibida onde tudo começou para recuperar a verdade sobre si mesma e tentar impedir que a Matter se espalhe pelo mundo.