Em Flying Witch Petit acompanhamos versões em miniatura dos personagens de Flying Witch em situações cotidianas cheias de humor e magia. Makoto, Chinatsu e os demais vivem pequenos episódios leves enquanto exploram feitiços simples, costumes de bruxas e a vida tranquila no interior. Cada capítulo apresenta esquetes curtas com foco em comédia e fofura mantendo o clima acolhedor da série principal.