Koro sensei é um misterioso ser com poderes incríveis que se torna professor de uma turma problemática. Ele promete destruir a Terra ao final do ano letivo, a menos que seus próprios alunos consigam assassiná lo antes. Entre aulas inusitadas e missões perigosas, a Classe 3 E aprende técnicas de assassinato enquanto desenvolve laços de amizade e superação pessoal. A cada tentativa de ataque, eles descobrem mais sobre o passado de Koro sensei e o verdadeiro motivo por trás de sua ameaça, questionando o que significa ser herói ou vilão.