Em meio a uma guerra entre governo e rebeldes, Akiyuki é transformado em um Xam’d após um ataque misterioso em sua ilha natal. Forçado a deixar sua família e amigos, ele embarca em uma jornada a bordo de uma nave postal comandada por Nakiami, que o ajuda a controlar seu novo poder. Enquanto tenta recuperar sua humanidade, Akiyuki descobre segredos sobre a origem dos Xam’d, o conflito que devasta o mundo e o verdadeiro custo da guerra, lutando para proteger aqueles que ama.