Amagami acompanha Junichi Tachibana, um estudante do ensino médio que ainda sofre por ter sido abandonado em um encontro de Natal no passado. Incapaz de esquecer a decepção, ele evita se envolver romanticamente. Porém, ao conhecer diversas garotas de sua escola, Junichi passa a viver diferentes possibilidades de romance, cada uma com sua própria história, conflitos e amadurecimento emocional. Cada arco explora um relacionamento alternativo, mostrando como escolhas distintas podem mudar seu futuro afetivo e ajudá lo a superar o trauma e redescobrir a esperança no amor.