Shinnosuke descobre que é descendente de um clã de ninjas e que seu verdadeiro nome é Chinpu. Uma kunoichi aparece afirmando ser sua mãe biológica e o leva para uma vila secreta ameaçada por forças misteriosas. Agora Shin chan precisa treinar como ninja, proteger um poderoso segredo ligado ao seu nascimento e enfrentar inimigos sobrenaturais. Entre trapalhadas, técnicas estranhas e muito humor, ele tenta salvar a vila e decidir qual família realmente deseja ao seu lado.