Em Grisaia: Phantom Trigger The Animation Stargazer a unidade de treinamento da Mihama Academy é enviada a uma missão em uma região isolada. Lá as alunas precisam proteger civis em meio a conflitos armados enquanto lidam com seus próprios traumas e laços de amizade. A operação rapidamente foge do controle e elas são forçadas a tomar decisões extremas que colocam à prova seus ideais e habilidades de combate.