Um estudante comum chamado Shou Fukamachi encontra um misterioso dispositivo biotecnológico chamado Guyver Unit que se funde ao seu corpo. Transformado em um poderoso guerreiro biológico, ele passa a ser alvo da organização secreta Chronos que deseja recuperar a arma viva. Enquanto tenta proteger seus amigos e entender a origem do Guyver, Shou enfrenta monstros chamados Zoanoids e descobre uma conspiração global envolvendo experimentos com o corpo humano e forças além da compreensão.