Em FLCL Alternative acompanhamos Kana Koumoto, uma estudante comum que vive com suas amigas em uma cidade tranquila. Enquanto lidam com dúvidas sobre o futuro e a passagem para a vida adulta, uma estranha mulher chamada Haruko aparece e eventos bizarros começam a acontecer. Criaturas surgem, robôs gigantes entram em cena e o cotidiano das garotas se transforma em um caos cheio de ação e humor absurdo. Entre explosões e guitarras Kana precisa descobrir quem é e o que deseja para si mesma.