Em um mundo à beira do caos, os cyborgs liderados por Joe Shimamura enfrentam os misteriosos Blessed, humanos evoluídos que manipulam governos e conflitos globais. Enquanto a humanidade ignora o perigo, a equipe 009 retorna à ação para impedir um plano que pode redefinir o futuro do planeta. Entre conspirações políticas, batalhas tecnológicas e dilemas morais, os heróis precisam confrontar seu próprio passado e o verdadeiro significado de justiça.