Em um mundo onde a realidade começa a se desfazer Kyo Sogoru vive dias aparentemente comuns até encontrar uma misteriosa garota chamada Shizuno. Ao se envolver com ela ele descobre a existência de Zegapain poderosos mechas usados em uma guerra desesperada pela sobrevivência da humanidade. Enquanto luta Kyo precisa encarar memórias fragmentadas e a verdade sobre sua própria existência. Zegapain ADP recompõe e expande a história da série original explorando novas cenas batalhas e perspectivas emocionais.