Após os eventos anteriores, os DigiEscolhidos enfrentam a crescente instabilidade entre o mundo real e o digital. Meicoomon enlouquece após um incidente trágico e passa a ser vista como ameaça. Enquanto o grupo tenta entender a origem desse descontrole, segredos sobre infecções digitais e o passado dos parceiros Digimon vêm à tona. A confiança entre humanos e Digimon é abalada, e Takeru e Hikari se veem no centro de uma crise emocional. Em meio à culpa, medo e revelações dolorosas, os DigiEscolhidos precisam decidir até onde irão para proteger ambos os mundos.