Em cidades diferentes, Mitsuha, uma garota do interior, e Taki, um garoto de Tóquio, começam a trocar de corpo de forma inexplicável enquanto dormem. Confusos, eles deixam recados um para o outro e tentam ajustar suas rotinas. Aos poucos, criam um laço profundo sem jamais se encontrarem. Quando a troca cessa de repente, Taki busca descobrir o motivo e a verdadeira identidade de Mitsuha. Sua investigação revela um desastre ligado ao passado e o tempo se torna seu maior inimigo em uma corrida para salvar quem ama.