Uma misteriosa mulher de olhos heterocromáticos sofre um acidente próximo ao parque de diversões Tohto e perde a memória. Conan e seus amigos a ajudam enquanto estranhos incidentes começam a ocorrer. Ao mesmo tempo a Organização dos Homens de Preto se move nas sombras em busca de uma traidora que possui informações sigilosas. Em meio a perseguições intensas e confrontos perigosos Conan precisa desvendar a verdadeira identidade da mulher e impedir um grande ataque que pode abalar todo o Japão.