Seis anos após sua primeira aventura digital, Taichi e seus amigos agora adolescentes enfrentam novos dilemas entre a vida escolar e suas responsabilidades como DigiEscolhidos. Quando misteriosos Digimons infectados começam a causar caos no mundo real, o grupo precisa se reunir novamente com seus parceiros Digimons para investigar a origem das anomalias. Enquanto tentam proteger ambos os mundos, surgem conflitos internos, dúvidas sobre o futuro e uma nova ameaça que coloca em risco o vínculo entre humanos e Digimons, forçando Taichi a questionar as consequências de cada batalha.