Durante um festival em honra de Aaron, herói da Aura, Ash é reconhecido por Lucario, antigo parceiro do lendário guerreiro. Libertado de um selo mágico, Lucario desconfia dos humanos e do próprio Aaron. Quando Mew sequestra Pikachu e Meowth para o misterioso Árvore do Início, Ash e seus amigos partem em uma jornada perigosa para resgatá los. Ao lado de Lucario, eles descobrem a verdade sobre o sacrifício de Aaron, o poder da Aura e o significado de amizade e confiança, enquanto enfrentam os perigos do organismo vivo que protege o mundo Pokémon.