Em um mundo devastado por um experimento fracassado, as irmãs Amitie e Kyrie Florian buscam salvar seus pais usando uma tecnologia proibida. A jornada delas cruza com Nanoha, Fate e Hayate, que investigam estranhos incidentes mágicos na Terra. Quando o plano de Kyrie ameaça causar uma nova catástrofe dimensional, as garotas mágicas precisam enfrentar inimigos poderosos e conflitos pessoais para proteger ambos os mundos e encontrar um caminho para a redenção.