Durante o festival do cometa Milênio, Ash, Pikachu e seus amigos conhecem Jirachi, um raro Pokémon que desperta a cada mil anos. Enquanto se aproximam da criatura adormecida, um mágico ambicioso tenta usar o poder de Jirachi para ressuscitar o antigo Pokémon Groudon. O desejo de proteger os amigos entra em conflito com a ganância humana, colocando o mundo em perigo. Ash e seus companheiros precisam ajudar Jirachi a cumprir seu papel especial antes que o cometa desapareça e o caos se torne irreversível.