Em um futuro próximo em Tóquio, a paz é abalada por misteriosos ataques militares que parecem obra de terroristas internos. A Seção 2 da Polícia Metropolitana é chamada para investigar enquanto a cidade entra em clima de guerra. O capitão Goto e a ex piloto Nagumo enfrentam conspirações políticas, dúvidas sobre lealdade e o passado de antigos colegas de exército. Em meio à tensão entre civis e militares, os Patlabors tornam se a última linha de defesa contra um possível golpe que pode redefinir o papel das forças armadas no Japão.