À medida que o conflito se arrasta, Amuro e a equipe da Base Branca precisam navegar em direção à sede da Federação da Terra, Jaburo. Durante sua jornada, eles encontram uma série de adversários inéditos e se deparam com desafios aparentemente insuperáveis. Eles participam da Operação Odessa, lutando para libertar a Terra do domínio das forças de Zeon.

No decorrer da guerra, vidas são sacrificadas, novas alianças são formadas e revelações surgem a cada momento. Amuro descobre que tem habilidades ligadas aos enigmáticos Novos Tipos.