Em meio a uma guerra espacial entre humanos e gigantes alienígenas, a nave Macross abriga civis e militares em fuga. O piloto Hikaru Ichijyo se envolve com a idol Lynn Minmay e a oficial Misa Hayase, enquanto a música de Minmay revela um poder inesperado capaz de afetar os inimigos. Entre batalhas colossais, conflitos amorosos e o mistério de uma antiga canção, a tripulação luta pela sobrevivência da humanidade e pela compreensão do verdadeiro significado do amor.