Em uma cidade futurista construída para Pokémon, um grupo de Genesect perdidos causa caos ao procurar seu antigo lar. A presença deles ameaça o equilíbrio do lugar e coloca humanos e Pokémon em perigo. Mewtwo, em uma nova forma poderosa, surge para deter a destruição e proteger inocentes. Enquanto o confronto entre Mewtwo e o Genesect Vermelho se intensifica, ambos precisam entender a dor e o desejo de pertencimento do outro, buscando uma forma de coexistência pacífica.