Em Mardock Scramble: The Third Exhaust, Rune Balot enfrenta o julgamento final contra Shell Septinos, o homem responsável por sua morte. Amparada por Oeufcoque e o detetive Dr. Easter, ela precisa usar suas memórias traumáticas como prova em tribunal. Enquanto a conspiração por trás da poderosa empresa de Shell vem à tona, Balot luta para afirmar sua própria identidade e vontade. O confronto culmina em uma batalha intensa que decidirá seu futuro e o significado de sua segunda chance de viver.