Issunboushi acompanha a jornada de um menino do tamanho de um polegar que sonha em se tornar um grande samurai. Mesmo sendo muito pequeno, ele possui coragem e determinação enormes. Armado com uma agulha como espada e uma tigela como barco, ele parte em viagem para a capital em busca de reconhecimento. No caminho enfrenta perigos, conhece novos aliados e prova que a verdadeira força vem do coração e não do tamanho do corpo.