Shinji Ikari fica num estado de choque emocional, completamente abalado, depois de perder um amigo pra lá de especial. Com o filho nesse estado, incapaz de botar pra funcionar o robô gigante Evangelion Unidade-01, Gendou Ikari e a galera da NERV entram numa corrida louca contra a organização misteriosa SEELE, numa disputa pra ver quem consegue botar em prática seu plano maluco primeiro. A SEELE tá doidinha pra criar um ser quase divino, misturando as almas deles num Evangelion, enquanto o Gendou quer transformar toda a humanidade num ser primordial único, só pra poder dar um oi de novo pra Yui, sua esposa que já bateu as botas.

A SEELE, sem dó nem piedade, manda ver uma invasão de arrepiar nos QGs da NERV. Enquanto as forças da SEELE vão passando o rodo nos cientistas e na segurança da NERV, Asuka Langley Souryuu entra em cena com tudo, pilotando o Evangelion Unidade-02 numa tentativa desesperada de segurar a onda contra o arsenal pesado da SEELE.

A treta fica feia, e o Shinji, pra lá de deprimido, se esconde no fundão dos QGs da NERV. Com o destino do mundo pendurado nas costas do Shinji, a Capitã Misato Katsuragi sai numa caçada pelo moleque, enquanto o mundo lá fora vai pro beleléu.