Em Edo alternativa onde samurais convivem com alienígenas o ex samurai Gintoki é contratado para investigar o desaparecimento de um espadachim e de uma misteriosa espada chamada Benizakura. Enquanto Shinpachi e Kagura procuram um amigo raptado Gintoki descobre uma conspiração que envolve armas biotecnológicas e antigos rivais. O passado sangrento de Katsura e do próprio Gintoki vem à tona levando a batalhas intensas e revelações sobre a guerra Joui. Entre comédia e ação o filme reconta o arco Benizakura com animação aprimorada e clima mais sombrio.