Em um mundo onde a excêntrica Haruhi Suzumiya desaparece de repente, Kyon acorda em uma realidade alterada, na qual ninguém se lembra dela ou da Brigada SOS. A escola parece normal demais, seres sobrenaturais não existem e antigos aliados são pessoas comuns. Confuso e isolado, Kyon precisa descobrir o que causou a mudança e decidir se deseja restaurar o mundo caótico e extraordinário de Haruhi ou aceitar a tranquilidade dessa nova vida aparentemente perfeita.