Em Cyborg 009: Kaijuu Sensou, Joe Shimamura e os outros ciborgues enfrentam misteriosos monstros gigantes que surgem ao redor do mundo, causando destruição em massa. Enquanto investigam a origem dessas criaturas colossais, descobrem uma conspiração ligada a uma nova organização que busca dominar o planeta usando biotecnologia avançada. Em meio a batalhas intensas, o grupo precisa unir suas habilidades especiais para proteger a humanidade e desvendar o segredo por trás dos kaijuu, confrontando antigos inimigos e novos perigos que testam seus limites físicos e emocionais.